小型冷凍干燥機由制冷系統、真空系統、加熱系統、控制系統、干燥箱、冷阱等組成。冷凍干燥機的工作原理是將被物料先凍結到共晶點溫度以下，然后在一定的水蒸氣分壓下使物品中的固態水份(冰)直接升華成水蒸氣，從物品中排除，使物品干燥。物料經前處理后，被送入預凍倉凍結，再送入干燥倉升華脫水，脫水之后在后處理車間燈檢及包裝。
小型冷凍干燥機獲得的凍干制品要求生物活性不變、外觀色澤均勻、形態飽滿、結構牢固、溶解速度快，殘余水分低，保存時間長。要獲得高質量的制品，對凍干的理論和工藝應有一個比較全面的了解。冷凍干燥機凍干工藝包括預凍、升華和解析三個分階段。通過一定的方法，提高任何一階段的效率，都能帶來經濟價值。
小型冷凍干燥機的應用十分廣泛，使用頻率也很高，因此冷凍干燥機能否正常使用對企業來說很重要。對于使用頻繁，經常更換凍干制品的客戶來說，冷凍干燥機的清洗工作就顯得很重要了。
真空系統負責抽走升華及解析過程中產生的不可凝性氣體，為系統建立維持一定的分壓，加熱系統向物料提供升華的熱量，制冷系統向冷阱和凍干箱提供所需的冷量。冷凍干燥機采用板層傳到、輻射及氣體對流加熱，物料受熱均勻；采用高效捕水冷阱，與凍干箱內制品保持一定的溫差，確保能*補集產生的水汽。采用熱氟化霜，快速化霜；采用高效真空機組，并可實現油水分離；采用人工智能控制，控制精度高，操作方便。
冷凍干燥機長期工作會給配件等帶來磨損和灰塵等雜質覆蓋影響工作，冷凍干燥機不清洗的危害：
冷凍干燥機蒸發器和冷阱蒙滿灰塵時，就會影響冷氣和熱量的散發，從而導致冷凍干燥機制冷或制熱效果減弱，費電費時；當冷凍干燥機開啟時，冷凍干燥機內的細菌會被直接吹散到室內的空氣中，對人體造成直接傷害。在炎夏過去冷凍干燥機停止使用后，都會忽視對冷凍干燥機的清潔，于是冷凍干燥機吸塵網上吸附著的大量灰塵、螨蟲、花粉、虱子和霉菌就開始大肆繁衍。到第二年再次使用冷凍干燥機時，這些病菌、病毒、霉菌和灰塵就被干燥機吹送出來，往往引發大規模的呼吸道感染和過敏性皮炎。而品種更換頻繁的，也會導致品種之間的污染問題。
冷凍干燥機清洗方式：
對于制藥醫藥類冷凍干燥機要求每次使用前后都要清洗清潔保養，而對于其他使用頻率不大的，經常做同一品種的物料的，要求至少2批次清洗檢車一下。
